東北新幹線「やまびこ」「なすの」用が、2編成。山形新幹線「とれいゆつばさ」、上越新幹線「現美新幹線」が、各1編成、JR東日本に在籍。（2016年4月現在）
転用
秋田新幹線「こまち」が、E6系にバトンタッチされ、6両編成のE3系は、別の道を歩むことになる。
製造初期の編成は既に引退しているが、後期の2編成は、「こまち」ロゴがない姿で、東北新幹線の東京～盛岡間を、E5系と組んで走り続けている。
また、改造工事を受け山形新幹線「つばさ」として、走り続ける車両も存在する。
とれいゆ つばさ
新幹線初のリゾート列車「とれいゆ つばさ」。
在来線を含めると、お座敷席や、バーカウンターなどを持つ列車は存在しているが、電車内の足湯は、初だ。
「こまち」だったE3系が改造された車両で、走行区間は福島～新庄間の山形新幹線区間に設定されている。
GENBI SHINKANSEN
「現美新幹線」は、上越新幹線（越後湯沢～新潟）を走り、各駅停車の「とき」とはいえ、停車駅間では「世界最速芸術鑑賞」の名に違わない走りを披露する。
秋田と東京を、最高速度で結ぶために誕生したE3系。新幹線電車としての第二の人生は、走る美術館として装いを新たにし、新しい旅の楽しみ方を提案する。