東北新幹線と秋田新幹線を直通運行する「こまち」は、すでに20年以上の歴史を刻み、E6系は二代目に当たる。

分割併合装置を上り方に装備。東北新幹線の駅停車時には、ホームと乗車口の隙間を埋めるためのステップが、自動で開く仕組みになっている。

最高時速320キロ運転のため、E5系同様、約13mの超ロングノーズで、フルアクティブサスペンションや車体傾斜装置を装備。

E3系「こまち」は6両編成だったが、車内のバリアフリー設備充実のため、E6系は7両編成となった。

東北新幹線を走行する場合、E5/H5系と連結し、17両編成を組む。

「はやぶさ」＋「こまち」では、最高時速320キロ。停車駅が多い、「やまびこ」や「なすの」では、275キロで運転される。